Quem visita Santos e encontra apenas alguns canais artificialmente construídos, talvez nem imagine a grande quantidade de nascentes de água potável e de rios que caracterizou a geografia local, muitos dos quais até hoje correm por caminhos subterrâneos, com seu traçado esquecido.

Um exemplo dramático das conseqüências desse esquecimento foi a queda, ainda na fase de construção, do edifício Moulin Rouge, na Rua Goiás. Descobriu-se que, além de falhas de cálculo arquitetônico, o prédio estava sendo assentado sobre o leito de um riacho, fato só recordado após a queda das estruturas. Uma confusão histórica relacionada ao traçado dos rios santistas também levou à suposição de que outrora um rio separava Santos de São Vicente.

Eis um inventário histórico/geográfico dos rios mais destacados, começando pelos que banham a região Leste da Ilha de São Vicente (e da cidade de Santos):

Rio Branco no José Menino, possivelmente o mesmo referido no final do século XIX como Córrego Cachoeirinha, com nascente no morro do José Menino, depois canalizado para passar sob o Orquidário Municipal, até desaguar no canal 1.

Ribeirão São Bento (ex-do Desterro) - córrego pedregoso que nascia no Morro São Bento e passava defronte ao convento do Valongo, no atual Largo Marquês de Monte Alegre, desaguando no Estuário. É retratado em tela do pintor Benedito Calixto e mostrado na planta de Santos em 1765. Citado como Riacho Macaia na escritura de arrendamento de um terreno no sopé do morro da Penha, lavrada em 4/3/1856. Suas águas abasteciam uma fonte pública inaugurada em 1846 pelo imperador D. Pedro II, e que não mais existe. O ribeirão foi depois canalizado.

Riacho do Itororó (ex-do Carmo) - nascendo no Monte Serrat (ex-Morro dos Jerônimos), no ponto onde existe a Biquinha do Itororó, como é mostrado na planta de Santos em 1765, corre atualmente sob as ruas Itororó, Augusto Severo e Praça Barão do Rio Branco, passando ao lado do Convento do Carmo (daí sua outra denominação) e desaguando no Estuário. Em antigos documentos, o nome ainda aparece na forma indígena Tororó, corruptela de Xororó e Y-xororó (ou I-xororó), significando "água corrente" ou "manancial").

Riacho de São Jerônimo - nasce no Monte Serrat (ex-Morro dos Jerônimos, daí o nome), atravessa sob a atual Praça dos Andradas e a rua Conde D'Eu, desaguando no Estuário, sendo mostrado na planta de Santos em 1765.

Rio Saboó - parcialmente canalizado e encoberto, nasce no Morro do São Bento, passa pelo terreno do conjunto habitacional existente ao lado do Cemitério da Filosofia (Rua Flamínio Levy), atravessa a Av. Pres. Getúlio Dorneles Vargas e a área da ferrovia em direção ao Estuário, aonde chega depois de se juntar com um braço do Rio São Jorge (logo após atravessarem ambos a Av. Engenheiro Augusto Barata), recebendo ainda águas de pequeno afluente que nasce no próprio terreno da ferrovia. Um de seus braços, que atravessa a Av. Presidente Getúlio Dorneles Vargas, aparece em 2004 com o nome de Rio Lenheiros.

Rio Lenheiros - denominação divulgada já no século XXI para um dos braços do Rio Saboó, que foi canalizado durante a construção do Conjunto Habitacional Mário Covas, no Saboó.

Rio do Conrado - citado pelo historiador Francisco Martins dos Santos, em sua obra História de Santos, de 1937, contando que do Forte Augusto, na Ponta da Praia, "saía um caminho que bordejava o porto e internava-se pelo antigo Pau Grande (Vila Santista e Macuco), servido mais tarde por um trenzinho de carga e passageiros, e conhecido por toda gente, durante mais de oitenta anos, como o caminho do Forte Augusto, que terminava junto ao chamado rio do Conrado, que hoje não mais existe". Uma descrição do rio, com planta arquitetônica e uma rara foto, é apresentada na Monographia em que Júlio Conceição relata as obras e atribulações para a instalação do Instituto D. Escolástica Rosa, informando que ele passava pelos fundos de seu terreno, na área atravessada pela atual Avenida Epitácio Pessoa.

Rio dos Soldados (ou Rio do Soldado, ex-Rio Guaranchin) - Nascendo no sopé do Morro do Jabaquara/Nova Cintra, seguia o curso das avenidas Rangel Pestana, Campos Sales e Ulrico Mursa, desaguando na Bacia do Mercado. Com águas salobras, recebia as águas de toda a pequena vertente formada pela encosta Sul dos morros de "São Jerônimo" (depois Monte Serrate), "do Bufo" (depois Fontana), "do Desterro" (depois São Bento) e "do Saboó-Mirim". Com as obras de saneamento, foi eliminado pelo canal da Avenida Francisco Manoel, que deságua no canal 1 (da Avenida Pinheiro Machado). O canal 1 tem ligação subterrânea com o canal da Avenida Rangel Pestana (que começou a ser coberto, a partir de 8/1/1914, no trecho entre as avenidas Pinheiro Machado e Campos Salles). Dependendo da maré, as águas do antigo Rio dos Soldados, confundidas com as da drenagem do solo, podem fluir até o mar via canal 1 (maré baixa, dominante) ou (em condições de maré alta excepcional) pelo antigo caminho - canalizado - até a Bacia do Mercado. Protagonizou notável erro histórico/geográfico: a suposta divisão da Ilha de São Vicente em duas ilhas.

Dois Rios - Assim chamado por ter duas nascentes. A primeira, aparentemente (a planta disponível não deixa essa indicação clara) iniciando no morro do Jabaquara, acompanhando o trecho inicial da Avenida Ana Costa e entrando pelo atual bairro Campo Grande, correndo então as águas no sentido Noroeste-Sudeste, talvez acompanhando o traçado da Avenida Marechal Floriano Peixoto (ex-Rua do Encanamento) até perto da Praça da Independência e prosseguindo aproximadamente pelo traçado da atual Rua Galeão Carvalhal até o canal 3. A segunda, no Macuco, seguindo as águas com orientação inicial Leste-Oeste até atravessar o antigo Caminho da Barra e convergir para a orientação Norte-Sul em direção ao mar, aproximadamente pelo traçado do atual Canal 3, até encontrar no Gonzaga com o outro braço de rio procedente do Campo Grande e desaguar na praia, junto ao atual Canal 3, conforme a publicação A Baixada Santista - Aspectos Geográficos (V. III.)

Jabaquara - nome de origem túpica - Yâb-a-quára ("o buraquento") ou Y-a-baquara, contraído de Yá-ba-quara ("o corredor, o ligeiro", referindo-se a curso de rio) - relacionado ao pequeno rio que, atualmente canalizado, começa no morro do Jabaquara, na cachoeira de Nova Cintra, passa ao lado do Engenho dos Erasmos e segue para o Estuário. O historiador Francisco Martins dos Santos, em sua História de Santos, categoricamente descarta que se aplique ao caso a etimologia Yabá-quára, originada em Jabá ou Yabá ("fujão") e Quára ("refúgio, paradeiro, abrigo"), mesmo tendo existido no morro o Quilombo do Jabaquara, que abrigava os negros fugidos a partir de 1882: a denominação do rio é mais antiga.

São Jorge - canalizado, na Zona Noroeste de Santos, deságua no Rio Casqueiro, que banha por Norte e Oeste a ilha de São Vicente. Com regular volume e largura, o Rio São Jorge entrava profundamente no território da Ilha de São Vicente, formava a "Ilha das Palmeiras" (depois sítio "das Palmeiras") passando junto ao Engenho de São Jorge dos Erasmos, chegando junto ao Morro da Água Branca ou de São Jorge, onde recebia a cachoeira do mesmo nome. Protagonizou notável erro histórico/geográfico: a suposta divisão da Ilha de São Vicente em duas ilhas. Um dos braços do rio, formado na área do Chico de Paula, passa a correr em sentido contrário ao do outro, atravessando a Vila Alemoa (favela) e a Via Anchieta, a área da ferrovia e a Avenida Engenheiro Augusto Barata, para se juntar ao Rio Saboó.

Rio dos Bugres (ou Rio do Bugre) - assim denominado pela presença constante dos índios Caiuás (remanescentes carijós e tupiniquins), que procediam de Itanhaém e Itariri, seguindo pelos rios Branco e Casqueiro, enveredando pelo Rio da Divisa, até esse rio que - canalizado - marca a divisa de municípios entre Santos e São Vicente. Esses índios, que ali acampavam por vários dias, vendiam seu artesanato e produtos de caça, retornando pelo caminho inverso ao Sul do Estado de São Paulo, num costume iniciado por volta de 1840/1850 e que perdurou até perto de 1900. Em mapas modernos, é citado como Rio dos Bagres.

Continente - Na área continental de Santos, destacam-se ainda diversos rios que geralmente nascem na Serra do Mar, por ela descendo na forma de belas cachoeiras e correm no sentido Norte-Sul, em direção ao Oceano Atlântico, já sem desnível que dê força às águas, o que leva à formação de meandros.

O Rio do Quilombo, que começa na Serra do Mar próximo à divisa municipal entre Santos e Mogi das Cruzes, deságua no Lagamar de Caneú. Seu nome advém do quilombo de escravos fugidos que existiu naquelas serras desde 1780, com auge em 1830 e fim por volta de 1840.

O Rio Jurubatuba, nascido também na Serra do Mar, no centro da área continental de Santos, corre paralelamente ao Rio do Quilombo e deságua no Estuário, entre o Lagamar do Caneú e o canal de Bertioga. Conta o historiador Francisco Martins dos Santos que se acreditava inicialmente que a denominação Jurubatuba tem origem tupi, derivando de Jaruvá, Jerivá ou Geribâ (nome de certa palmeira produtora de excelente palmito) e Tiba ou Tuba ("grande quantidade, abundância, existente em grande número").

Porém, a língua tupi não tem o som da letra "J" inicial, e a referida palmeira era encontrada em grande quantidade por toda a Serra do Mar. Outra versão foi assim proposta por Mendes de Almeida, ainda tupi ou túpica, de Yérê-Abati-Bae, em que Yérê significa "volta", Abá significa "muitas" e Ty ou Ti "atar, prender", com a partícula Bae (breve) para formar particípio, significando em conjunto "atado e de muitas voltas" - alusão ao fato desse rio correr entre encostas altas, que o espremem em voltas constantes.

Francisco Martins registrou em sua História de Santos acreditar mais na origem semita do nome - muitos representantes do povo hebraico habitaram a região santista desde 1502 -, pela qual Ior ("árvore, floresta"), mais Abâh ("desejado, cheio de atrativos" e Tibi, Tiba ("abundância, riquezas, felicidade" formavam vocábulo muito semelhante (inclusive na sonoridade) ao túpico, significando "lugar feliz, cheio de belezas e florestas". Um pequeno afluente do Jurubatuba é o Rio das Pérolas, assim chamado pelo leiloeiro oficial Antônio Militão de Azevedo, "mostrando dois punhados (duas mãos cheias) de pequenas e bonitas pérolas, lá colhidas e de lá trazidas", na citação de Francisco Martins.

Considerados de qualidade superior, o barro e a tabatinga de Jurubatuba eram preferidos nas olarias santistas, sendo empregados por exemplo nas telhas e nos tijolos de edifícios como a Cadeia Velha da Praça dos Andradas, o prédio da Câmara e Prefeitura no Largo Marquês de Monte Alegre, a Alfândega de 1876, os sobradões da atual Rua do Comércio.

O Rio Sandin, de menor extensão, começa na área continental, corre paralelamente aos rios Jurubatuba e Diana e deságua no Estuário.

O Rio Diana - que contém a Ilha Diana, onde vive desde 1941 uma comunidade de pescadores - deságua no Estuário, junto ao canal de Bertioga.

O Rio Busca-Vidas é um braço do Rio Diana. Tem esse nome porque os moradores do Sítio Itabatatinga e outros das imediações conduziam barcaças usando grandes varejões. Os que se desequilibravam e caíam eram tragados pelo rio, calmo apenas na aparência.

No bairro Caruara é citado o Rio Macuco, (também chamado de Rio Iriri) como fonte de água potável para os moradores - possivelmente um afluente do Rio Diana, sem outras referências disponíveis. Os rios Trindade, Cabuçu e Iriri, iniciados na área continental do município de Santos, deságuam no canal de Bertioga, após uma série de meandros. Do Rio Trindade é retirada água para abastecimento dos navios no porto de Santos, passando antes por tratamento em Guarujá.

Com nascente em Biritiba-Mirim, o Rio Itapanhaú drena uma área de 363 km² e tem como afluentes principais o Jaguareguava, o rio da Praia e o Itatinga, desaguando no Canal de Bertioga.

O Rio Jaguareguava, também iniciado no centro da área continental santista, é afluente do Rio Itapanhaú. Outro afluente do Itapanhaú é o Rio Itatinga, iniciado no município de Mogi das Cruzes e que tem aproveitamento hidrelétrico na usina da vila Itatinga, criada em 10/10/1910 para abastecimento elétrico do porto de Santos, aproveitando uma cachoeira de 765 metros de altura. O nome Itatinga significa "Pedra Branca" ou "Cachoeira da Pedra Branca" (Ita = "pedra" e Tinga = "branca").

Ex-distritos - No atual município de Bertioga (ex-distrito santista), estão os rios que deságuam diretamente no Atlântico, destacando-se o Itaguaré (formado pelos afluentes Rio Vermelho e Rio Cachoeirinha Grande, iniciados no município de Biritiba-Mirim, e ainda pelo Rio Perequê-Mirim, nascido na encosta da Serra do Mar) e mais a Leste o Rio Guaratuba, iniciado na Serra do Mar na direção da divisa com os municípios de Biritiba-Mirim e Salesópolis.

O Rio Pedra Branca nasce na serra perto da divisa de Bertioga com Salesópolis e deságua no Guaratuba. Por sua vez, o Rio da Anta nasce perto da divisa de Bertioga com São Sebastião e corre de Leste para Oeste, até desaguar no Rio Pedra Branca.

Área de Piaçaguera - No atual município de Cubatão (também ex-distrito de Santos), há o Rio Cubatão, principal fonte de captação de água para a Baixada Santista (cujo nome tem origem no afro-árabe Cubata ("rancho") com o final aumentativo "ão" para designar o antigo rancho de tropeiros existente na área nos tempos coloniais. O rio deságua no Canal de Piaçaguera, em local conhecido como Largo do Cubatão, após banhar a margem Norte da Ilha Piaçaguera.

O Rio Donana corre ao Norte do Rio Viegas, quase em paralelo com este, chegando ao local conhecido como Cais da Ultrafétril.

O Rio Viegas ocupa posição intermediária entre o Donana e o Cubatão, com os quais faz ligação, tendo dois braços: o Norte se ligando com o Canal de Piaçaguera e o Sul com o Largo do Cubatão, junto a esse mesmo canal.

Banhando o lado Oeste da Ilha Piaçaguera, o Rio Pariquera se liga pelo Norte ao Rio Cubatão e pelo Sul ao Rio Cascalho, que banha a margem Sudoeste dessa ilha e na ponta Sul da mesma, por sua vez, se junta ao Rio Casqueiro, defronte à Ilha Casqueiro.

A Leste do Canal de Piaçaguera, em posição ao Norte do Largo do Canéu, onde deságua junto à Ponta do Bagrinho, corre o Rio da Pedreira, iniciado na Serra do Quilombo.

Já o Rio Casqueiro (antigo Iriripiranga), na verdade um braço de mar, agora é o delimitador entre Santos e Cubatão e chega à Baia de Santos pelo lado Oeste da ilha de São Vicente. Um de seus braços, no lado santista, é o São Jorge.

O Rio Piaçaguera, que deu nome ao bairro cubatense de Piaçaguera, nasce na região de Paranapiacaba, na Serra do Mar e termina no Lagamar de Enguaguaçu, continuado pelo do Caneú. Tem ligações com os rios Donana e Viegas, ambos na margem Oeste do Canal de Piaçaguera, ligando-se todos com o Rio Cubatão.

O Rio Jurubatuba, que banha a margem Noroeste da Ilha Barnabé, deságua no Largo de Santa Rita, junto ao Canal de Piaçaguera. Toda a margem Leste/Sudeste da ilha Barnabé é banhada pelo Rio Sandi, que corre paralelo ao Rio Diana. Por sua vez, o Rio Diana, procedente da Serra do Quilombo e passando na encosta Noroeste do Morro do Gabriel, termina por juntar suas águas com as do canal de Bertioga, ambos desaguando no Canal de Piaçaguera.

Além de dois cursos d'água com esse nome existentes na área insular de Santos (um no José Menino e outro na Zona Noroeste), também na área continental há um Rio Branco, também chamado de Boturóca, no sítio denominado de Itu, distante 18 quilômetros para Oeste-Sudoeste do centro de Santos, e possuindo uma queda d'água com capacidade estimada em 1899 para a geração de 600 cavalos-vapor.

Ilha de Santo Amaro - Em Guarujá (outro ex-distrito de Santos), o pequeno Rio Icanhema tem sua pouca importância expressa no próprio nome, do tupi Y (forma de Yg), significando "água, rio" e Caêm ou Caê-m significando "secar, enxugar", com acréscimo do som de A (breve) por acabar em consoante, formando assim Ycaêma ("água ou rio que seca, que desaparece" - nas vazantes ou em certas luas e ocasiões - ou "curso de água à toa, sem importância"). Iniciando no Morro do Icanhema, corre no sentido Sul-Norte e se junta com seu braço Oeste (que parte do Morro dos Limões e corre por trás da elevação que abriga a Fortaleza da Barra Grande de Santos) e deságua no Estuário, em linha reta que aponta para a Avenida General San Martin, em Santos.

O Rio do Meio corre a Leste do Rio Icanhema e a Sudoeste do Rio Santo Amaro, desaguando no Estuário de Santos, em posição eqüidistante entre a foz do Icanhema e a estação do ferry-boat Santos-Guarujá, possivelmente sendo a sua localização geográfica a razão do nome desse curso d'água.

O Rio Santo Amaro, que nasce no centro da ilha homônima, forma inúmeros meandros em seu curso geral Noroeste-Sudoeste e deságua em vários pontos do Estuário, com três saídas principais entre o cais de granéis e fertilizantes de Conceiçãozinha (ao Norte) e as proximidades do ferry-boat (ao Sul). O braço principal, ao Sul, tem em sua margem esquerda as instalações do Iate Clube de Santos.