Construído sobre as ruínas do antigo Forte Augusto, e inicialmente destinado ao uso como Escola de Aprendizes Marinheiros, o Museu de Pesca é uma das atrações turísticas de Santos. Isso não impediu que ficasse por muitos anos fechado, com parte de seu acervo destruída por cupins e pela umidade dos vazamentos do teto, que também exigiram uma ampla recuperação das instalações, com troca integral do piso - que, mesmo assim, só ocorreu após ampla mobilização popular nos anos finais do século XX.

Uma das principais atrações do museu é um esqueleto completo de baleia, animal encontrado em Peruíbe durante a Segunda Guerra Mundial, e que por isso chegou a ser confundido com um submarino alemão. Também está empalhado e exposto nesse museu um velho conhecido dos santistas, o leão-marinho Macaé, que durante 22 anos viveu no Aquário Municipal. E ainda a foca Krikri, causadora de grande polêmica no curto período em que chegou ao Aquário, foi batizada de Farofeiro pelo prefeito municipal nomeado (em contraposição a uma eleição popular) e morreu de problemas decorrentes da época de sua captura. Em 2011, o lobo-marinho Macaezinho também passou a ser exposto no museu.