Valongo - No Largo Marquês de Monte Alegre, local que durante três séculos foi uma das balizas de Santos, a 13 de julho de 1640 foram iniciadas as obras da igreja, e a 1º de julho do mesmo ano lançou-se a pedra fundamental, com missa celebrada pelo frei Manuel de Santa Maria. Os franciscanos receberam o terreno de quatro povoadores da Vila de Santos, e com a construção do templo começou a formar-se o bairro dos valongueiros.

A estrutura da igreja e do convento obedeceu ao estilo em voga naquele tempo. O frontispício imita o da igreja do convento de Santo Antônio do Rio, com três arcos e três janelas. O frontão do Valongo é considerado um dos mais belos do século 18, com suas linhas curvas, em estilo barroco. A torre é mais alta do que de costume, e o interior, como em todas as nossas igrejas antigas, é despido de ornatos.

No século 19, a Ordem Franciscana passou por dificuldades, com a crise anticlerical, e em 1859 retirou-se o último guardião. O Barão de Mauá, para construir a estação da estrada de ferro, ofereceu 12 contos de réis por toda a área, mas os padres concordaram em vender tudo, menos a igreja, por 20 contos de réis. Foi a Ordem 3ª que salvou a igreja da destruição total, pois dirigiu-se ao imperador D. Pedro II, pedindo sua proteção, e a administrou de 1861 a 1922.

Na Igreja do Valongo são notáveis o altar-mor, original, com detalhes em ouro; o altar de Nossa Senhora das Dores, de 1873; as imagens de Nossa Senhora da Conceição, São Pedro e São João; a imagem giratória representando a Santíssima Trindade, no altar-mor; e o antigo Ostensório, onde se fazia a Bênção do Santíssimo.

O estilo barroco da igreja recebeu elementos que o descaracterizaram, e por isso durante muito tempo foram recusados os pedidos de tombamento. Somente agora o Condephaat está preparando o processo necessário para essa providência.

Ordem de São Francisco - Anexa ao Valongo, com entrada pelo Largo Marquês de Monte Alegre, está a capela da Venerável Ordem 3ª de São Francisco da Penitência, fundada pelos franciscanos logo após sua instalação no convento. Construída em 1689, a capela tem entrada principal pela nave da Igreja de Santo Antônio, ficando perpendicular à mesma.

No retábulo, em estilo barroco, está a imagem de São Francisco, em tamanho natural, orando diante de um Cristo místico alado (a única imagem com seis asas, segundo a influência espanhola, existente no Brasil). Todo o material do altar veio de Portugal, e nele encontram-se as imagens de Nossa Senhora da Conceição, São Luís e Santa Isabel. Os tocheiros são notáveis por sua beleza, e o teto original, que ruiu, foi refeito em 1868.

Na sacristia está uma imagem de Nossa Senhora da Conceição do século 17, e no pátio, outra imagem da mesma santa, inaugurada em 1698, além da padroeira dos Enforcados, diante da qual os escravos condenados à morte costumavam rezar durante algum tempo. O Sino dos Enforcados, arrancado pelo povo quando foi promulgada a Lei Áurea, está guardado na sacristia, para aguardar restauração.

Igreja de Santo Antônio - As obras foram iniciadas em 1640, com capela anexa. A igreja foi construída depois do convento. Sua primeira missa foi rezada a 24 de março de 1691. No ano de 1860, a São Paulo Railway Co. comprou a área em que estava o convento para a construção da atual estação de passageiros, o que aconteceu sob protestos da população santista. Foi nesta ocasião que se deu o famoso milagre da imagem de Santo Antônio. O templo já teve a invocação de São Francisco. Hoje é conhecida como Igreja de Santo Antônio do Valongo.