Em confirmação à etimologia proposta, aparecem lá mesmo, e em lugares fora de ligação com o mar - mais dois Guarujás, o Mirim e o Guaçu.

A versão de Theodoro Sampaio é insubsistente e errônea.

Guarujá tornou-se, primeiro: Prefeitura Sanitária - independente de Santos, e depois Município, à sombra da Lei Orgânica do Estado, ocupando toda a Ilha de Santo Amaro ou de Guaíbe.

Paicará - Bairro, hoje transformado numa verdadeira cidade e sob a denominação de Vicente de Carvalho, existente ao lado do velho Itapema, na Ilha de Santo Amaro - do chamado tupi: Po - exprimindo superlativo - e Acuraá "enseada alagadiça", formando Poacuraá, que se corrompeu e adulterou no correr dos séculos, passando por Poaicuraá e Poaicaráa, antes de tomar a forma definitiva, porém com a mesma significação: "várzea ou enseada extremamente alagadiça" - como era realmente, no antigo estado, antes das drenagens e aterros, sujeita aos alagamentos dos preamares.

Itapema - Ponto célebre da Ilha de Santo Amaro, onde se fixou o povoador Jorge Ferreira, um dos nobres fundadores de Santos, e onde no mesmo século XVI construíram o Forte de Pedra, de Vera Cruz de Itapema, para defesa do porto santista e da então Vila fronteira. Mais tarde (fins do século XIX) ali construíram, a pouca distância do velho Forte, a Estação das Barcas de Guarujá, até hoje existente. O topônimo procede do chamado tupi: Ita "pedra", Pê "quebrar, torcer, dobrar", e o sufixo Ma (breve) para formar supino (como ensina João Mendes de Almeida), com o significado de "Morro quebrado mais de uma vez ou pedra muito quebrada", que aludia aos morrinhos lá existentes, que pareciam quebrados três vezes, acompanhados de pedrouços como satélites.

Esses morrotes muito conhecidos e seus pedrouços vêm sendo destruídos há muito tempo, utilizados em aterros e empedramentos diversos, na Base de Aviação da Bocaina, em Itapema e em Vicente de Carvalho, a nova localidade (distrito de Guarujá) que começando no Itapema, propriamente dito, segue pela várzea do Paicará (que comumente grafam: Pai Cará), ligando-se a Conceiçãozinha e ao ferry-boat. Os habitantes de Vicente de Carvalho já manifestaram (e continuam a manifestar) seu desejo de que o nome do seu distrito e futura cidade volte a ser Itapema.

Bocaina - Também chamado outrora Bocaina do Bertioga (do rio). Antigo bairro operário e de pescadores de Santos, que o governo fez desaparecer totalmente, para extensão da Base de Aviação e Aeroporto da região santista. Embora com aparência de vocábulo português, é de origem túpica, segundo João Mendes de Almeida, de "Bóc'aina - abertura desbaratada, rasa - passagem rasa de um ponto a outro"; o que corresponde, mais ou menos, com o aspecto geográfico da Bocaina, realmente uma passagem rasa, extensa, que levava ao interior da ilha (Vargem Grande e outros pontos) e ao rio da Bertioga (tanto à parte interna como à embocadura ou foz do Sul).

Pela natureza da etimologia proposta, referia-se o nome ao desembocadouro ou foz interior do rio, junto ao estuário de Santos (lagamar de Enguaguaçu), dali passando às terras igualmente rasas da Ilha de Santo Amaro, que o conservaram.

Icanhema - Pequeno rio e recanto da ilha de Santo Amaro, do chamado tupi: Y (forma de Yg) "água, rio", Caêm de Caê-m "secar, enxugar", com acréscimo de A (breve), por acabar em consoante, formando originariamente: Ycaêma "água ou rio que seca, que desaparece" (nas vazantes ou em certas luas e ocasiões) ou "curso de água à toa, sem importância", que corresponde à realidade.

Praia do Góis - Pitoresca prainha de uns quinhentos metros, na Ilha de Santo Amaro, à entrada do Porto de Santos, pouco além da Fortaleza da Barra Grande.

Liga-se este topônimo aos Góis, que vinham na Armada do Donatário (Pedro, Luiz, Gabriel e Scipião de Góis), e que ali decerto tiveram pouso ou sítio, enquanto a parte Sul da ilha foi propriedade de Estêvão da Costa, cunhado de Martim Afonso. Nesta praia, entre 1765/1767, o governador D. Luiz Antônio de Souza construiu uma pequena fortaleza, para defesa, principalmente, da Fortaleza de Santo Amaro ou da Barra Grande, que podia ser atacada por terra.

Ilha de Santo Amaro - Ilha que constitui atualmente o Município de Guarujá e forma com a Ilha de S. Vicente o canal, estuário ou porto de Santos (o "rio de São Vicente") dos primeiros tempos, e Guarapiçumã dos indígenas). Os viajantes espanhóis chamaram a esta ilha: Ilha Oriental (Ysla Oriental) e Pero Lopes de Sousa, em seu famoso "Diário da Navegação", chamou-a de Ilha do Sol, que vem a ser a mesma coisa, significando que, para os que estavam no "rio de S. Vicente" ou na "Ilha de S. Vicente", era ela que marcava o nascer do sol, ou era por cima dela que o sol se levantava.

Nas escrituras mais antigas aparece a denominação Guaíbe ou Guahíbe e Gaíbe (Guaybe, Guaybe e Gaybe) e de modo nenhum Guaymbê ou Guaimbê, como citaram alguns escritores e tratadistas, aludindo à existência do cipó desse nome, e em grande quantidade, por toda a ilha. Nós sabemos que tal cipó era abundantíssimo em toda a Serra do Mar (e ainda é até hoje), não podendo por isso constituir-se em razão toponímica apenas ali.

Hoje, estamos propensos a acreditar que, assim como a ilha de São Vicente possuía um nome hebraico, aplicado pelos povoadores semitas (genericamente falando), anteriores à colonização oficial de Martim Afonso, também a Ilha de Santo Amaro tinha um nome semita da mesma época: do árabe: Gu-a'yb ou Gu-a'ayba, que podia ser também: G'a'yb e G'a'yba, formando os vocábulos que aparecem nos nossos mais velhos documentos: Guaybe e Gaybe (dado o som breve do último A), com o significado altamente interessante e de sentido ao mesmo tempo histórico e geográfico: "a que segura, fixa ou impede o mau, o mal, o malfeitor" - de G ou Ga e Gu - o gaín árabe, letra do alfabeto, que aglutinada aos vocábulos, dá o sentido de agarrar, prender, fixar, impedir" e A'ybe ou A'Ayba "mau, malfeitor, ruim, imprestável etc." - aludindo à dupla função da ilha de Santo Amaro, a de defender Santos (a ilha de São VIcente) das fúrias do mar bravo, do impacto direto do oceano, que sem ela destruiria a nossa ilha, e a de impedir a passagem, aos tamoios, aos selvagens bravios, retendo-os à distância, na Bertioga, permitindo a defesa melhor dos civilizados. Isso seria, precisamente, agarrar ou impedir o mau, o malfeitor etc.

Todos sabem que os tamoios paravam as suas incursões e correrias, quase sempre ou sistematicamente, na Bertioga (onde mais tarde se construíram as Fortalezas) e sabemos todos que, algumas vezes, eles chegaram a atacar a Ilha (de Santo Amaro) e a destruir criações e plantações que nela existiam, mas sem ousarem chegar até a Ilha de São Vicente, e isso pelo receio de serem cercados pela retaguarda e destruídos, uma vez que só atacavam por dentro, pelo rio ou canal (de Bertioga) e nunca por fora, pelo mar. Aí está perfeitamente fundamentado o sentido da denominação hebraica, valendo por esta observação: "Se não existisse esta Ilha (de Guaíbe), o mar, as grandes marés, correntezas e ressacas destruiriam a Ilha (de Goaió ou São Vicente), ou os tupinambás (tamoios) da costa destruiriam sua gente e suas plantações".

Esta é, hoje, a nossa opinião.

Quanto à denominação Santo Amaro, só aparece escrita de 1545 em diante, substituindo a de Guaíbe, supondo-se porém que ela já existisse desde a criação da Capitania do mesmo nome, doada a Pero Lopes de Sousa, irmão de Martim Afonso, em 1534, tendo essa Ilha por sede inicial ou centro, o que constitui a mais lógica das versões.

O fato do aparecimento do nome, escrito somente depois de 1545, deve prender-se à fundação da primeira Capela de Santo Amaro, como diz Frei Gaspar, levada a efeito pelo célebre José Adorno (o Genovês) e Estêvão da Costa, dono das terras, em 1540, em frente ao antigo Porto de São Vicente (da Ponta da Praia), antes da transferência oficial do mesmo porto para Enguaguaçu.

Essa Capela de José Adorno, com toda certeza, localizou-se no alto de um morrinho, a cavaleiro da Fortaleza de Santo Amaro ou da Barra Grande, construída quarenta e três anos depois, em 1583/84, e seria a mesma que o historiador Rocha Pita encontrou ou viu, pela altura de 1720, e naturalmente em ruínas. É o que se deduz desta passagem do aludido historiador, em sua famosa "História da América Portugueza" desde o ano de mil e quinhentos do seu descobrimento até o de mil e setecentos e vinte e quatro (1724):

Na barra grande de Santos, distante da Vila meia légua pelo rio abaixo, tem uma grande Fortaleza, fabricada com toda a regularidade em duas baterias, com muitos canhões, e estâncias para o cômodo dos soldados, que entram nela de presídio todos os meses; tem Capitão, que governa; está posta na ponta de um outeiro junto ao rio; sobre outro monte lhe fica eminente uma Ermida de Santo Amaro.

Tratando-se de livro escrito até 1724, é evidente que a visita a Santos e à Capela de Santo Amaro, a cavaleiro da Fortaleza, só poderia ter sido realizada, mais ou menos, em 1720.

Segue-se, pois, que ao contrário do que pensaram alguns cronistas, a Capela de Santo Amaro, construída por José Adorno em 1540, era lá mesmo na Ponta da Praia, e seria aquela encontrada por Rocha Pita, vinte e dois anos antes da construção de outra pelo governador José Rodrigues de Oliveira em 1742, não mais a cavaleiro da Fortaleza, mas ao lado dela, junto aos seus muros da direita.

Se "as alfaias daquela primeira Capela foram entregues ao almoxarife Cristóvão Diniz, em 24 de setembro de 1576", como reza um daqueles cronistas, não sabemos; achamos até que uma Capela construída em 1540, com esmero e devoção (solidamente portanto e quase sempre de pedra, conforme o uso), por um homem rico como José Adorno, não duraria apenas 36 anos!... Mais natural seria que ela durasse os 180 anos, que vão de 1540 a 1720, zelada e sempre reparada, como teria sido, por todo tempo.

Ou isso ou existiram três capelas de Santo Amaro, duas anteriores à própria Fortaleza de 1583/84, e fora dela (independentes), e uma, a de 1742, reformada várias vezes, anexa à Fortaleza, colada aos seus muros, essa que vimos em ruínas em 1936, sem telhados e transformada em 1958, no mesmo estilo anterior, num extraordinário esforço e decidida demonstração de boa vontade, pelo então Tenente Rodolfo Pettená, na qualidade de presidente do Círculo Militar de Santos, que ocupara a grande e venerável Fortaleza santista.