Cubatão é historicamente conhecido não como núcleo de povoamento, e sim como ponto de passagem. Daí o fato de, por muito tempo, depender de vias intermunicipais para suas comunicações internas. Tal problema era lamentado ainda em 1976, no 4º Boletim Informativo da Prefeitura Municipal de Cubatão, que lembrava:

O sistema viário do Município é uma conseqüência da sua posição geográfica, entre o mar e o planalto, que sempre exerceu e sofreu influência dos municípios vizinhos.

Antigo porto onde ancoravam os barcos, para a subida da serra em lombo de mulas, Cubatão era parada obrigatória para os que vinham do litoral ou de outros países, pelos portos de Santos e São Vicente, e se destinavam ao planalto.

O passar dos anos acarretou mudanças nos meios de transporte, e sua importância como passagem obrigatória para o planalto também se desenvolveu. A cidade cresceu em função da necessidade constante de passagem, e por outro lado é sufocada em sua expansão física, pelas vias criadas para esse fim.

Hoje, os dois principais núcleos urbanos do Município - Cubatão (sede) e o Bairro do Jardim Casqueiro - encontram-se impossibilitados de serem interligados por um sistema viário essencialmente urbano, uma vez que se faz necessária a utilização das vias de ligação entre a Baixada e o Planalto. A Rodovia dos Imigrantes, a Via Anchieta, a Estrada Velha do Mar e a SP-55 fazem parte do sistema viário regional, cuja principal finalidade é dar vazão ao tráfego de passagem.

A própria cidade utilizou algumas vias, ocasionando problemas, quanto às formas mais eficientes de uso. É o caso, por exemplo, da SP-55, trecho Cubatão-Guarujá, que passou a servir de escoadouro da produção do Parque Industrial Cubatense, ou ainda da Estrada Velha do Mar, que se tornou a principal ligação entre Cubatão e Jardim Casqueiro. Essas diversificadas formas de usos vêm sendo estudadas e o D.E.R. já cogita o redimensionamento da SP-55 e da Estrada Velha do Mar, nos trechos da Via Anchieta até Piaçagüera e Cubatão a Santos.

O sistema viário local pode ser estudado por partes, como conseqüência do retalhamento a que foi exposto o solo do Município, pelas ferrovias e rodovias do Sistema Regional. Assim, as diversas partes do sistema local se desenvolvem fatalmente no contexto do outro de maior porte, podendo-se prever a formação de núcleos urbanos com vias independentes, ligados em alguns pontos onde obrigatoriamente se interceptarão. (...)

Média mensal de tráfego nas rodovias que cruzam o Município, sob jurisdição do Departamento de Estradas de Rodagem (DER):

O município é cortado pelas rodovias:

Complexo viário Anchieta-Imigrantes (Via Anchieta e Rodovia dos Imigrantes), que ligam a capital paulista à Baixada Santista;

Rodovia Cônego Domênico Rangoni (Piaçaguera-Guarujá, ou Rodovia Estadual SP-55), ligando Cubatão e Guarujá e à rodovia federal BR-101 (Rio-Santos);

Antigo Caminho do Mar (SP-148 entre Cubatão e São Paulo);

Rodovia Pedro Taques (SP-55, na ligação com o Litoral Sul).

Outras estradas de menor porte, municipais, atravessam o município, como a do Itutinga e a Cubatão-Fabril.

O município também é atravessado por duas ferrovias: as malhas das antigas Rede Ferroviária Federal S.A. (RFFSA ou Refesa, herdeira da São Paulo Railway Co. ou Estrada de Ferro Santos-Jundiaí, com cerca de 21 km de rede em Cubatão) e Ferrovia Paulista S.A. (Fepasa, herdeira da Estrada de Ferro Sorocabana, com cerca de 20 km de rede em Cubatão) - ambas privatizadas no final do século XX. Para servir às principais indústrias, há igualmente ramais ferroviários específicos, especialmente na região de Piaçagüera.

Os inúmeros rios que atravessam o município e a própria cidade não são explorados como meio de transporte em larga escala, apesar das várias tentativas feitas, subsistindo apenas a navegação de travessia em pequenas canoas particulares (especialmente no Rio Casqueiro, entre Cubatão e alguns bairros de Santos e São Vicente) e o uso de canoas por pescadores.

Para servir às instalações portuárias da Companhia Siderúrgica Paulista (Cosipa) e de algumas indústrias de maior porte, navios graneleiros e cargueiros percorrem o Canal de Piaçagüera, que liga esse pólo industrial ao alto-mar, através do estuário do porto santista, e permite inclusive navegação noturna, desde que a embarcação de longo curso seja acompanhada por rebocadores, com cabo passado, por razões de segurança.

Transportadoras - Em 1980, o município contava com serviços de 56 transportadoras de cargas, além da companhia de transportes urbanos e intermunicipais Viação Santos Cubatão (que iniciou as atividades no município em 1964) e transportadoras turísticas: Tigre Transportadora Turística Ltda. (que iniciou atividades em Cubatão em 1969), Viação Guarujá (que se instalou em Cubatão em 17 de novembro de 1971) e Breda Transportes e Turismo S/A (começou em Cubatão em 11 de outubro de 1968).

Em 1976, a Prefeitura registrava também o início das atividades no município das empresas Viação Santa Rosa Ltda. (prestando serviços à Cosipa), Viação São Bento Transportes e Turismo Ltda. (operando no parque industrial). A Ultra S.A. Transportes Interurbanos havia iniciado as atividades no município em 1975.

Funcionavam também em Cubatão instalações da Rede Ferroviária Federal S.A./9ª Divisão Santos-Jundiaí (desde 16/2/1867) e da Fepasa Ferrovia Paulista S.A. (criada em 10/11/1971 com a unificação da Cia. Paulista de Estradas de Ferro, Cia. Mogiana de Estradas de Ferro, E.F. Araraquara, E.F. São Paulo e Minas e E.F. Sorocabana), posteriormente privatizadas.

O município contava em 1976 com onze pontos de táxi, com 69 carros e vagas.

Postos de gasolina - Em 1976 era registrada oficialmente a presença de 12 postos no município cubatense: José Mathias e Filhos Ltda. (desde 1947); Auto Posto Vila Nova Ltda. (desde 1965); Afonso Rodrigues da Silva e Auto Posto Brasília Ltda. (desde 1967); Bernardino Ribeiro Borges (desde 1969); Auto Posto Casqueiro Ltda. (desde 1970); Auto Posto Cubatão Ltda. (desde 1971); V.M. Serviços Automotivos Nove de Abril Ltda. (desde 1973); Posto Paulínia Ltda. (desde 1973), O.M. Oliveira Ltda. e Auto Posto Miraldo Ltda. (desde 1974) e Alberto Pinto de Carvalho e Filhos Ltda. (desde 1975).