O computador baseado em DNA deveria resolver um problema denominado Caminho Hamiltoniano (em homenagem ao matemático irlandês William Rowan Hamilton, que planejou o enigma em 1857). Uma versão simplificada, conhecida como o problema do caixeiro-viajante, poderia ser assim formulada: dada uma relação arbitrária de cidades pelas quais um vendedor deve passar, qual a rota mais curta ligando todas elas? A versão de Adleman limitou o número de rotas interligando as cidades ao especificar em quais o vendedor deveria iniciar e terminar sua jornada. Uma vez que nem todas as cidades estão diretamente ligadas, o objetivo seria descobrir um caminho contínuo ligando todas elas. 

Ligar quatro ou cinco cidades pode ser uma tarefa simples de se fazer com um pedaço de papel, mas quando o número de cidades cresce, o problema aumenta exponencialmente, passando ao que é conhecido como “problema pesado”, em termos matemáticos. Problemas pesados não podem ser resolvidos eficientemente por equações algébricas, as respostas só podem ser encontradas pela investigação de todas as possíveis soluções, o que pode ser difícil até para os computadores executarem. Conectar 100 cidades, num problema assim, usando um algoritmo bem conhecido e um computador que executasse um trilhão de operações por segundo, envolve um tempo de cálculo superior à própria idade do universo, ainda segundo o texto da Wired. 

O pesquisador limitou seu teste a sete cidades conectadas por 14 rotas possíveis, buscando um caminho que pudesse ligar as cidades norte-americanas de Atlanta e Detroit, passando pelas demais da sua lista. No dia de Natal de 1993, ele foi para o laboratório de virologia da University of Southern California. Ele vinha pesquisando como os glóbulos brancos do sangue eram selecionados para morrer pelo HIV, mas naquele dia fez uma experiência diferente: preparou 21 tubos de ensaio com seqüências simples de DNA (uma para cada uma das sete cidades e das 14 rotas de conexão entre elas). 

Dias depois, tinha nos tubos um material que foi reunido num tubo de ensaio com solução aquosa. Em apenas um segundo, veio a resposta, a primeira do mundo dada por um computador molecular: trilhões de cópias de uma molécula com longas seqüências de “palavras” de quatro letras representando a solução do caminho hamiltoniano entre Atlanta e Detroit. Um dia depois de sua criação, o computador-DNA de Adleman (batizado como TT-100, por utilizar tubos de ensaio de 100 microlitros) já se mostrava mais rápido, econômico e de tamanho mais reduzido que seu primo eletrônico. 

A ligação – Uma versão simplificada (para facilitar a explicação) do experimento de Adleman, com quatro cidades como Atlanta, Baltimore, Chicago e Detroit e definindo-se que a partida seria em Atlanta e a chegada em Detroit, implicaria em quatro opções de vôo: Atlanta/Chicago, Chicago/Detroit, Chicago/Baltimore e Baltimore/Detroit. O caminho mais curto poderia ser voar de Atlanta a Chicago, de Chicago a Baltimore e de Baltimore a Detroit. Simples, não? Mas, experimente acrescentar algumas cidades nesse roteiro... 

Para resolver o problema com quatro cidades, Adleman usou os quatro tipos de nucleotídeos (A,T,G,C) para formar “palavras” com seqüências de seis bases: denominou Atlanta como ATGCGA, Baltimore como CGATCC, Chicago como GCTTAG e Detroit como GTCCGG. A escolha da ordem das letras não é casual: as bases das espirais do DNA só se unem de uma forma: G com C e T com A. 

Para batizar os vôos de conexão entre as cidades, pegou as três últimas letras do nome DNA da cidade de origem e as três primeiras do nome DNA da cidade de destino. Assim, o vôo Atlanta-Chicago foi chamado de CGAGCT, o de Chicago a Detroit foi batizado como TAGGTC, Chicago-Baltimore seria TAGCGA e Baltimore-Detroit seria TCCGTC. Em seguida, montou as seqüências complementares de DNA conforme a compatibilidade das bases (trocando G por C e T por A). Assim, Atlanta passou de ATGCGA para TACGCT; Chicago, para CGAATC; Baltimore, para GCTAGG e Detroit, para CAGGCC. 

E a computação por DNA já tem seus hackers: o pesquisador Richard Lipton e dois estudantes graduados, Dan Boneh e Christopher Dunworth, descobriram - apenas três meses depois - como esse computador genético poderia desmontar (“craquear”) rapidamente o algoritmo usado pelo governo americano para codificar seus documentos secretos: o Data Encryption Standard (DES)...