Em 1941, assumiu o cirurgião Arthur Domingues Pinto, profissional respeitado internacionalmente e o primeiro a fazer uma cirurgia
cardíaca a céu aberto na América do Sul. Na equipe da Santa Casa na época, operavam também os médicos Marcílio Dias Ferraz, Eduardo Barreto de
Souza e Hermano Vasconcellos. Em sua gestão na AMS Domingues Pinto incentivou muito a parte científica, organizando 15 reuniões com as salas
lotadas de sócios. Em sua gestão estavam José Dias de Moraes, Dirceu Vieira dos Santos, Nicolino Rebello Machado, Milton Macedo Soares, Ciro
Werneck de Almeida, Alcebíades Salles, Carlos Moreira Gomes, Oswaldo Santiago, Manuel Silvestre Figueiredo, J.R. Araujo Costa, Emílio Navajas
Filho, Marcílio Dias Ferraz e Edgard Falcão. Em janeiro de 41 a AMS lançava seu primeiro boletim científico.
Ao final de seu mandato já não se falava mais da encrenca com os engenheiros. Os tempos eram outros, trazendo novas preocupações,
particularmente a guerra na Europa, que acabaria batendo em nossas portas pouco tempo depois. Apesar de seu pouco tempo de existência, a
Associação dos Médicos de Santos estava consolidada no início dos anos 40.
Em 1942, o mesmo ano em que no mês de setembro foi decretado o Estado de Guerra em todo território nacional, assumiu Dirceu Vieira dos
Santos, tendo na vice-presidência José Dias de Moraes. Em setembro desse ano o presidente da República, Getúlio Vargas, prometeu auxiliar
financeiramente na construção do novo hospital da Santa Casa da Misericórdia de Santos.
Dias de Moraes incentivou a classe para a compra de uma sede, o que foi concretizado em assembléia geral no dia 20 de outubro, quando
foi autorizada a aquisição. Nessa época, Dias de Moraes estava substituindo Dirceu Santos e foi feita a compra da sede na Avenida Ana Costa
388, onde está até hoje, por CR$ 100.000,00.
José Dias de Moraes assume a presidência em 1943, ano em que em setembro foi inaugurado o novo hospital da Santa Casa da Misericórdia
de Santos, com solenidade de inauguração e placas de homenagem aos médicos ilustres. Com os CR$ 40 000,00 que sobraram da verba obtida para a
compra da casa foram feitas reformas na sede. A vida social ficou mais descontraída para os médicos, que compareciam na AMS para uma partida
de xadrez ou bilhar, cafezinhos e muitas conversas. Em sua gestão aconteceu a primeira reunião dançante.
Quando Edgardo Boaventura chegou à presidência em 1944 Santos estava em uma ótima fase esportiva, brilhando nos Jogos Abertos de
Taubaté. A AMS, por sua vez, também se destacava no esporte vencendo o Torneio Esportivo envolvendo médicos, engenheiros e advogados. Nesta
gestão foi inaugurada a barraca na Praia do Boqueirão, um novo ponto de encontro para a classe. Boaventura chegou a ocupar o cargo de prefeito
de Santos algum tempo depois. A Cidade nessa época já passava por problemas na área social, com a expulsão de famílias carentes que moravam em
boxes no Joquei Clube de Santos e não tinham para onde ir.