Instalações da estação na década de 1930, possivelmente na época da inauguração em 1938
Foto cedida a Novo Milênio pelo historiador santista Waldir Rueda

Inaugurada em 26 de julho de 1938, com a presença do presidente da República, Getúlio Vargas, e do interventor federal no estado de São Paulo, Adhemar de Barros, substituiu uma pequena estação terminal da linha ferroviária Santos a Juquiá (via São Vicente e litoral) que antes existia no mesmo local, inaugurada em 1913 pela Southern São Paulo Railway (ferrovia comprada em 1927 pela Sorocabana). O prédio atual da estação foi construído em 1936, com estilo semelhante ao da estação de Cangüera (no mesmo ramal), e no início da década seguinte ganhou o nome de Estação Ana Costa.

A Sorocabana passou ao controle da Ferrovia Paulista S.A. (Fepasa) em 1971, mantendo-se até 1975 o transporte de passageiros entre Mairinque e Santos, e até 11/1997 entre Embu-Guaçu e Santos.

Depois, até 1999, ainda trafegaram até ali as composições do TIM - Trem Intermunicipal -, ligando Santos a Samaritá.

Com a privatização da Fepasa, passando a linha ao controle da empresa Ferroban, a estação foi fechada. Seu prédio foi tombado pelo Patrimônio Histórico de Santos e restaurado para uso em atividades culturais pelo hipermercado que se instalou no local do pátio de manobras no ano 2000.