No período de 1896 a 1899, voltou ao Conselho de Intendência, exercendo em 1897 o cargo de intendente municipal, quando lhe coube recepcionar o 1º Regimento de Polícia que foi a Canudos lutar contra as hordas de Antônio Conselheiro - esse corpo de tropas viajou a bordo do cruzador Andrada e aportou a Santos no dia 25 de outubro de 1897. Segundo o Diário de Santos, foi muito fria a recepção aos soldados paulistas que lutaram e venceram em Canudos, parecendo que "eles passavam por terra estranha..."

Integrou-se nas campanhas abolicionista e republicana. A sua vida foi um exemplo de abnegação, tendo ao lado de Benedito Júnior fundado a Associação Auxílio aos Necessitados.

Lei nº 1.171, de 22 de dezembro de 1950, sancionada pelo prefeito municipal, sr. Sócrates Aranha de Menezes, outorgou o nome de Antônio Malheiros Júnior a uma das ruas da Cidade. Atendida pelo decreto nº 560, de 26 de junho de 1952, do prefeito municipal, sr. Francisco Luís Ribeiro, que oficializou a Rua nº 359, antiga 109 "C", com início na Rua Princesa Isabel e fim na Avenida Pinheiro Machado.

Projeto de lei nº 80, de 1950, de autoria do vereador Alexandre Alves Peixoto Filho, aprovado na sessão da Câmara Municipal de 13 de dezembro de 1950.