No município podem ser encontrados três tipos de vegetação:

a) vegetação dos brejos de água doce - típico de regiões invadidas pelas águas dos rios e dos riachos na época das chuvas. Encontram-se ervas de muitas qualidades, gramíneas formando prados e florestas baixas, onde aparecem o ipê de brejos e outras espécies.

b) vegetação do mangue - compreende na região da Baixada Santista uma área de 100 km², excluindo-se as zonas devastadas. São poucos os vegetais que sobrevivem nessas condições ambientais devido ao baixo teor de oxigênio e pouca consistência do solo. Aparecem freqüentemente vegetais com raízes muito desenvolvidas, para a sustentação da planta. No manguezal, durante a maré alta, vê-se praticamente só as copas das árvores e arbustos. Durante a maré baixa, vê-se emaranhados das raízes escoras e pneumatóforos. Em Cubatão, as áreas cobertas pelos manguezais foram devastadas, drenadas e usadas para o plantio e mais tarde para a construção de casas modestas e até mesmo de alto padrão.

c) vegetação das escarpas da serra e dos morros - corresponde à Mata Tropical, que é rica em espécies vegetais com predomínio das árvores de grande porte. Destacam-se entre as árvores: embaúba-preta, araúba, amarelinho, quaresmeira. A quaresmeira é também chamada quaresma, manacá-da-serra e jacatirão. É citada constantemente nos livros de Afonso Schmidt inspirados em Cubatão. Aparecem também as trepadeiras, as ervas e as epífitas.

Essa vegetação foi muito devastada nos morros para exploração das pedreiras ou substituída pelos bananais e ainda, no passado, para a obtenção de lenha. Nas últimas décadas, a vegetação sofreu muito através das invasões das encostas da Serra do Mar.

Parques ecológicos e turísticos

Cubatão conta com três parques ecológicos: Perequê, Cotia-Pará e Itutinga-Pilões. Além disso, para atividades turísticas e de lazer, conta com o parque municipal conhecido como Cidade da Criança (ex-Parque Anilinas).

Parque Ecológico do Perequê - Com acesso pela Rodovia Cônego Domenico Rangoni (Cubatão/Guarujá - SP 55), dista cinco quilômetros do centro da cidade. O Rio Perequê possui vocação turística já há muito tempo, pois desde o início do século XX era procurado por banhistas. O Parque Ecológico foi inaugurado em 12 de dezembro de 1997 e, como ponto alto da visita, o turista pode apreciar uma cachoeira de 60 metros de queda.

Parque Ecológico Cotia-Pará - Com área de 500 mil m², está localizado às margens da Via Anchieta, entre os quilômetros 55 e 56, distando 2 km do centro da cidade. Como atrações principais, o local apresenta mini-zoológico, áreas de esporte, teleférico, viveiros de pássaros, áreas de lazer com quiosques e churrasqueiras. Além disto, há o Horto Municipal e o Cristo Redentor.

Itutinga Pilões - Situado precisamente na confluência dos rios Pilões e Cubatão, na área denominada Itutinga. Nesse local encontra-se uma vila cujas construções remontam ao século XIX. Desenvolvia-se ali a cultura da banana. Nesse local foi instalado o núcleo do Parque Estadual da Serra do Mar, cujo objetivo é preservar a mata nativa, bem como as diversas espécies de vida animal existentes na região.

Cidade da Criança - Atual denominação do Parque Municipal Anilinas, já que no local existiu a antiga fábrica de produtos químicos à base de tanino, substância retirada da vegetação do mangue para ser empregada na fabricação de corantes e outros produtos. A fábrica funcionou até 1967, quando entrou em processo de falência. A prefeitura cubatense, em 1972, adquiriu a área e construiu no local o parque, que recebe milhares de visitantes. Eles se divertem em brinquedos, quadras poli-esportivas, áreas de recreação infantil e biblioteca infanto-juvenil. Considerada a grande área de lazer de Cubatão, com 50 mil metros quadrados no centro da cidade, possui seis entradas (a principal pela Avenida Nove de Abril), um pavilhão de exposições, bosques e anfiteatro.