Antes de ganhar a denominação de Bairro Vila Nova, a região entre a Via Anchieta e a Av. Nove de Abril (então Avenida Bandeirantes), e a faixa de canalizações de adutoras, era ocupada por manguezais, bananais e alguns sítios. Havia também uma pequena vila com uma capela próxima ao Curtume, além de olarias. A área era integrada por uma parte do Sítio Piaçagüera, pelos terrenos denominados lotes 14 e 15 (com área de 269.900 m²) e por pequeno lote adquirido pela vendedora da Companhia Santista de Papel.

A companhia The City of Santos Improvements Co., uma empresa concessionária de diversos serviços públicos (implantou e mantinha serviços de gás, iluminação, água e bondes na Baixada Santista), era a proprietária da área que compreende o atual bairro da Vila Nova. Em 3 de outubro de 1952, vendeu por Cr$ 25 milhões a área de 1,1 milhão de m² aos empresários: João Oléa Aguilar (que comprou 35% das terras), Otávio Lotofo (comprou 30% da área), Alberto Queiroz, os comerciantes Carlos Eduardo Richter e Roberto Freire de Souza, o engenheiro Jorge Issler Richter, Clara M. Richter, o advogado Constâncio Ricardo Vaz Guimarães (que teve também destacada atuação no esporte nacional, como atleta e dirigente, sendo seu nome dado a um conjunto poliesportivo paulistano), e o comerciante inglês Carlos Jacob Jens, todos de São Paulo.

Os novos proprietários procederam o pedido de loteamento à Prefeitura, pelo processo nº 008/52 - 7.713/70 (compreendendo uma área de 956.975 m²) comprometendo-se a fazer uma avenida que seguisse o traçado da linha férrea, ligando o loteamento à Estação Ferroviária (a atual Avenida Martins Fontes) e canalizasse o ribeirão que cortava o terreno (o canal da Av. Nossa Senhora da Lapa). O nome Vila Nova foi escolhido pelos loteadores, acreditando-se que a sugestão desse nome tenha partido do espanhol João Oléa Aguilar.

Desde 1/8/2001, o bairro conta com um jornal mensal, o Jornal da Vila Nova, que ao completar o segundo aniversário, em 8/2003, mudou para Jornal Vila Nova e passou a contar com página Web na Internet.

Além da Escola Municipal de Ensino Fundamental "Bernardo José Maria de Lorena", o bairro conta com a Escola Estadual Lincoln Feliciano (primeira a surgir na Vila Nova), e desde 1972 com a Escola Municipal de Educação Infantil Ceará.

Outra escola municipal do bairro é a Unidade de Ensino de 1º Grau João Ramalho (depois transformada em EMEF. João Ramalho), primeira escola municipal de 1º Grau de Cubatão, inaugurada em 11 de fevereiro de 1974 pelo então prefeito nomeado, eng. Zadir Castelo Branco. Antes de ocupar o prédio da Av. Nove de Abril, 4.000, a unidade funcionava provisoriamente numa construção pré-fabricada com o nome de 4ª Escola Isolada da Vila Nova.

Naquela época, o prédio onde posteriormente foi instalada essa escola abrigava a Coordenadoria de Educação, o Arquivo Histórico e a Biblioteca Municipal. A escola recebeu o nome de João Ramalho, em homenagem a um dos primeiros povoadores do Brasil. Em 2003, contava com 53 professores e 21 funcionários e recebeu 1.107 alunos de 1ª a 8ª séries, sendo dirigida pela professora Regina Selma Gaia Martins.

Memorial das obras de arruamento e loteamento em terrenos situados no Município de Cubatão e denominados "Vila Nova Cubatão":

"A área de terras a ser arruada e loteada está situada no Município, com as seguintes confrontações: tem início em frente ao prédio nº 1, da Avenida Nove de Abril, a uma distância de cerca de 5 metros do lado Norte do eixo de uma linha férrea aí existente, de 60 centímetros de bitola; segue pelo lado direito da estrada de rodagem, denominada do "Vergueiro" ou Avenida Bandeirantes, na direção de Santos, pelo meio-fio de pedra aí existente, numa distância aproximada de 1.364,20 m, até alcançar um ponto situado um metro antes da linha de postes condutores de energia elétrica, numa faixa de terreno de propriedade da The City of Santos Improvements Co. Ld.; deste ponto, com uma deflexão à direita de 115º30', segue acompanhando a linha de postes e guardando dela sempre  a distância de um metro, confrontando com a referida faixa de terreno de propriedade da City, numa extensão de cerca de 468,50 m; deste ponto, onde faz uma deflexão à direita de 13º00', segue em reta na distância de aproximadamente 247 metros, sempre confrontando com  terrenos da City; daí com deflexão à esquerda de 4º00', segue em linha reta na distância de aproximadamente 527 metros, confrontando nos primeiros 9,50 m com terrenos da City e no restante com terrenos ora em ação de desapropriação pela Estrada de Ferro Santos-Jundiaí para construção do sistema do Oleoduto Santos-São Paulo; daí, em deflexão à direita de 47º30', segue em reta, com os mesmos confrontantes, na distância de cerca de 57 metros; neste ponto, com uma deflexão à esquerda de 47º30', segue em rota com os mesmos confrontantes na distância aproximada de 141 metros; atravessando a linha férrea de 60 centímetros de bitola já referida; daí, com uma deflexão à esquerda de 8º30', segue em reta na distância aproximada de 67 metros, com o mesmo confrontante; deste ponto, com uma deflexão à direita de 2º00', segue em reta na distância de 261 metros com os mesmos confrontantes, terrenos do Oleoduto, até atingir o álveo do ribeirão que serve de divisa do sítio Piassagüera; neste ponto defletindo á direita, acompanha o referido álveo do ribeirão pela divisa do sítio Piassagüera, confrontando, do lado esquerdo, com terras que consta pertencerem a Francisco Cunha e Manoel de Oliveira, até atingir novamente a linha férrea de 60 centímetros, num ponto em que o ribeirão passa sob esta ferrovia, num boeiro assinalado na planta como "Boeiro nº 2"; deste ponto segue pelo lado esquerdo da referida linha férrea, por uma vala, situada a cerca de cinco metros do eixo da linha, confrontando com terrenos que consta pertencer a Francisco Cunha, à Comp. Santista de Papel e a José Maria Ruivo, numa distância de cerca de 542 metros até o ponto inicial.

Todas as ruas, avenidas, praças e lotes estão dimensionados na planta, tendo sua respectiva numeração. O leito das avenidas e ruas será construído de modo a apresentar condição normal de trânsito.

A avenida que liga a estação ferroviária de Cubatão ao pontilhão sob a via Anchieta, por onde passa a linha férrea Cubatão-Pilões, e na planta denominada em seu início como rua Martins Fontes e em seu prolongamento como Avenida Três, receberá pavimentação tipo macadame, para suportar trânsito mais pesado, e com uma faixa carroçável mínima de seis metros.

O ribeirão que atravessa o terreno será retificado e canalizado, fazendo eixo de uma avenida com duas faixas carroçáveis, de acordo com o projeto, servindo tal ribeirão como linha de convergência das águas pluviais, que terão escoamento superficial pelas ruas da área loteada. Esse canal, acima descrito, será arborizado ao longo de suas margens, assim como o lado oposto à via férrea, da Avenida Bandeirantes existente, na parte a ser alargada.

Todos os lotes serão demarcados com pilares de concreto, os quais levarão a respectiva numeração, acompanhada do número da quadra.

Todas as construções nos lotes ficarão obrigadas a um recuo mínimo, do alinhamento da rua, de 4 metros. Quando o lote for de esquina, este recuo será observado na frente principal, sendo obrigatório o recuo de dois metros na outra frente.

Todo o plano acima descrito será executado em terreno de ótima qualidade, sendo aterradas todas as suas depressões e niveladas as ruas, de forma a proporcionar o melhor escoamento possível para as águas pluviais.