Também não foi tranquila a administração do Marechal de Ferro, pois, ao movimento bélico irrompido no Rio Grande do Sul, a 6 de fevereiro de 1893, seguiu-se a 6 de setembro desse mesmo ano a famosa Revolta da Armada, ainda sob a chefia do contra-almirante Custódio de Melo, que pouco antes havia sido ministro da Marinha do governo florianista. Três navios de guerra partiram para Santos, sob o comando do capitão-de-mar-e-guerra Frederico Guilherme Lorena, pretendendo o desembarque de tropas, depois de incessante canhoneio. Afinal, as forças fiéis ao Governo triunfaram. O contra-almirante Custódio José de Melo, nessa e em outras operações, houve-se com denodo e aptidão, consagrando-se como dos maiores chefes navais que o País teve. Custódio José de Melo nasceu a 9 de junho de 1840, em Salvador, Bahia.