Não está perfeitamente fixada a fase inicial do Conselho da Vila do Porto de Santos; sabe-se, porém - de notícias colhidas esparsamente em algumas escrituras e cartas primitivas - que ele começou a funcionar pelo ano de 1547, após a elevação do porto de Santos à categoria de Vila, formado pelos fundadores do povoado e homens principais do lugar, sob a presidência provável de Pedro Martins Namorado (feito juiz pedâneo em 1544 e mais tarde juiz ordinário), sendo Braz Cubas o alcaide ou capitão-mor, por Provisão de 1545.

Ignoramos a composição nominal do primeiro Conselho Santista, mas devia apresentar pouca diferença em organização, relativamente aos Conselhos e Câmaras estabelecidos no domínio dos Felipes (N.E.: dinastia real portuguesa), quando funcionavam geralmente um juiz ordinário, dois ou três vereadores, um escrivão e um procurador do Conselho, eleitos pelos "homens bons" da terra, sendo que nas povoações menores o procurador servia de tesoureiro.

Aos vereadores competia, então, organizar as posturas e vereações, nomeando um almotacé, encarregado das mesmas posturas, da fiscalização e aferição dos pesos e medidas, dos preços dos comestíveis e de zelar pelo asseio e policiamento das povoações.

A autoridade dos juízes ordinários cessava quando havia juízes de fora nomeados pelo Rei. Em Santos, porém, só dois séculos mais tarde é que existiu juiz de fora.

Tinham todos os componentes do Conselho importantes privilégios, entre eles o de não poderem ser presos, processados ou suspensos, senão por ordem régia.

Comprovando o que acima dissemos, vemos na escritura de 26 de março de 1585, que transferiu o prédio do Conselho Santista para o domínio dos jesuítas, a seguinte composição da Câmara naquele ano: juiz ordinário: João Franco; vereadores: Diogo Rodrigues e Simão Machado; procurador: Alonso Pelaes; não figurando apenas o escrivão e o almotacé por tratar-se de uma transmissão de propriedade, em que suas assinaturas eram naturalmente dispensáveis.

Um documento antigo é a carta de Dom Duarte da Costa ao Rei D. João III, escrita de Salvador da Bahia a 3 de abril de 1595, contendo, porém, informações fornecidas de Santos pelo menos um ano antes, na qual há este trecho:

 (*) Geraldo Ferroni, membro do Instituto Histórico e Geográfico de Santos (IHGS), publicou este artigo no Almanaque de Santos - 1972, de Olao Rodrigues (edição Indicador Turístico de Santos, Santos/SP).

N.E.: O verbo consertar, hoje grafado com letra "S", aparece com "C" em razão da grafia antiga em que foi mantido o documento acima citado. Este documento, em português atualizado e forma livre, poderia ser assim transcrito:

"[...] Também, Senhor, na mesma capitania na Vila de Santos há dois regatos em que o mar entra, onde estão duas pontes de madeira que são cobertas com a maré e estão ambas nas principais ruas da dita vila. Todos os anos são de novo consertadas, porque a água as derruba. O Conselho é muito pobre, que não pode consertá-las à sua custa, e os moradores também, e são assim muito prejudicados. Certo Cristóvão Caldeira, degredado para Bertioga por cinco anos, morador na dita vila, propôs ao dito ouvidor que lhe cancelasse o dito degredo e ele faria duas pontes à sua custa, de pedra, cal e tijolo, de maneira que não fossem levadas pelo mar. Pareceu bem ao ouvidor pelo enobrecimento da dita vila e pelo gasto que lhe evita, deu-me conta disso. Vossa Alteza devia assim proceder [...]"