Além das bandeiras nacional e estaduais, existem outros pavilhões oficialmente em uso corrente no Brasil. Eis os principais:

Bandeira presidencial:

Usada pela Presidência da República, tem no centro o Escudo Nacional.

Pavilhão naval:

Usado pela Marinha de Guerra, é formado por uma cruz com 13 estrelas brancas na horizontal e nove na vertical, sendo uma estrela em comum nos dois sentidos, sobre fundo azul marinho.

Pavilhão do almirante:

Baseado no pavilhão naval, inclui cinco estrelas no primeiro quadrante, em tamanho maior que as demais.

Pavilhão do comandante da esquadra:

Baseado no pavilhão naval, inclui quatro estrelas no primeiro quadrante, em tamanho maior que as demais.

Pavilhão do vice-almirante:

Baseado no pavilhão naval, inclui três estrelas no primeiro quadrante, em tamanho maior que as demais.

Pavilhão do contra-almirante:

Baseado no pavilhão naval, inclui duas estrelas no primeiro quadrante, em tamanho maior que as demais.