Os manguezais de Cubatão abrigam grande diversidade de formas de vida, mas os ambientalistas ainda precisam combater algumas práticas deletérias, como jogar lixo nas suas águas. Até mesmo linhas de pipas (papagaios) abandonadas podem fazer com que aves fiquem enroscadas nelas, até morrerem. Os ninhais de diversas espécies de aves, sua alimentação e seus hábitos, são objeto de estudo de biólogos, que também desenvolvem uma campanha para conscientizar a população próxima quanto à importância de se preservar esse raro ecossistema: