José Bonifácio de Andrada e Silva nasceu em 13 de junho de 1763 na cidade de Santos. Viveu na época do Brasil Colônia e Império e com sua experiência influenciou muito na Independência do Brasil. Era filho de Bonifácio José de Andrada e Maria Bárbara da Silva, sendo batizado com o nome de José Antonio, depois mudado para José Bonifácio. Nasceu e morou na Rua Direita, em Santos, atual Rua XV de Novembro.

Fez seus estudos primários e o curso básico de Humanidades em Santos, indo depois para São Paulo, onde começou a se preparar para ingressar na Escola Superior. Pôde estudar, pois era de família abastada, a segunda fortuna da Vila de Santos. Dado o seu valor como estudante, o bispo de São Paulo, dom frei Manuel da Ressurreição, tentou induzi-lo à vida eclesiástica, mas ele não tainha nenhuma inclinação. Foi depois para o Rio de Janeiro, onde permaneceu pouco tempo, seguindo viagem para Portugal em 1783. Matriculou-se na Universidade de Coimbra, onde fez o curso de Direito e o de Filosofia Natural. Durante seus cursos universitários, além de poemas, escreveu também sobre questões sociais muito importantes para o Brasil: a civilização dos índios, a abolição do tráfico negreiro e a escravidão. Foi pioneiro em medidas de proteção à mulher grávida que trabalhasse.

Foi admitido em 1789 como membro da Academia de Ciências de Lisboa. Nesse ano, apresentou sua primeira monografia, Memória sobre a pesca da baleia e extração de seu azeite, publicada pela Academia no ano seguinte. Em 1790, casou-se com Narcisa Emila O'Leary, que sempre o acompanhou e que lhe deu duas filhas: Gabriela Frederica e Carlota Emília. José Bonifácio teve uma filha natural que legitimou e foi companheira da sua velhice: Narcisa Cândida.

O duque de Lafões, espírito esclarecido, que fundara e presidira a Academia, conseguiu do governo português uma bolsa de estudos para José Bonifácio aperfeiçoar seus estudos em Paris. Lá escreveu a Memória sobre os diamantes do Brasil, só publicado em 1792.

Em Paris, frequentou as aulas do curso de Mineralogia e Química da Escola Real de Minas. Em 1792, estudou em Freyberg, na Saxônia, na Escola de Minas, onde conheceu Alexandre de Humboldt. Lá se formou em Metalurgia, Mineralogia, Geognosia (Geologia), Orictognosia (Mineralogia Prática). Percorreu vários países visitando minas, fundições: Itália, Áustria, Dinamarca, Suécia, Noruega, Bélgica, Holanda, Hungria.

Na Suécia, foi sócio da Real Academia de Ciências de Estocolmo, em 1797. Não foi por gentileza, pois já descobrira 12 espécies de minerais, que muito adiantaram o desenvolvimento da Química e da Geologia, o que lhe valeu fama nos círculos científicos internacionais. Retornou a Portugal, em 1800, reencontrando seus irmãos Antonio Carlos e Martim Francisco, e recebeu a cadeira de Metalurgia, na Universidade de Coimbra.

Com o irmão Martim Francisco, viajou as províncias portuguesas da Extremadura e Beira. Acumulou uma série de cargos técnicos e científicos, com sua cátedra universitária, devido à sua alta capacidade intelectual. Apesar de ocupadíssimo, publicou várias memórias científicas. Foi precursor da Ecologia, escrevendo uma memória sobre a necessidade do reflorestamento em Portugal. Quando Portugal foi invadido pelos franceses, José Bonifácio se incorporou ao Batalhão Acadêmico formado em Coimbra Militar. Em 1819, depois de muitos pedidos, conseguiu retornar ao Brasil, graças à insistência de d. João VI, que já residida no Rio de Janeiro desde 1808 e queria que ele ocupasse o cargo de ajudante do primeiro ministro para, mais tarde, ocupar uma pasta.

Chegando ao Brasil, já com 56 anos de idade, ficou uns tempos na terra natal – Santos – e, voltando ás suas atividades de pesquisador em companhia de seu irmão, Martim Francisco, fez uma viagem pelo interior de São Paulo. Partiram de Santos no dia 23 de março de 1820 com destino ao planalto, indo de canoa até Cubatão, subiram a Serra de Paranapiacaba, atravessaram a Borda do Campo e foram ter ao Jaraguá. Subiram para Pirapora, Itu, Sorocaba e, depois de visitarem a Fábrica de Ferro de Ipanema, regressaram a São Paulo via São Roque e Cotia. Dos seus trabalhos, realizados com seu irmão Martim Francisco, sobre mineralogia, o mais conhecido é Viagem Mineralógica na Província de São Paulo, encerrando observações precisas sobre os gnaisses, granitos e xistos da Serra de Paranapiacaba. Foi autor de Lembranças e Apontamentos, destinado aos deputados paulistas às Cortes de Lisboa. Ainda não se pensava em independência, ideia que só surgiria em 1822, ante a política irascível e violenta das Cortes.

Depois de se ter convencido de que a independência era a única solução para a crise aberta, dirigiu com mão firme o proceder do governo, preocupado sempre em manter a unidade brasileira. Verdadeiramente patriota, procurou constantemente carrear prestígios para a figura unificadora do príncipe regente. Era, então, ministro do Reino de Estrangeiros. Foi eleito pela maçonaria para o cargo de grão-mestre do Grande Oriente do Brasil. É dessa época esta descrição que dele faz a inglesa Maria Graham, preceptora dos príncipes: 'É um homem pequeno, de rosto magro e pálido. Suas maneiras e sua conversa impressionaram logo o interlocutor com a ideia daquela atividade mental incansável'.

Quanto ao temperamento, era de natural fogoso, isto é, impulsivo, violento, apaixonado. Tinha caráter forte, honesto. Obstinado, entusiasta, firme em suas convicções, agindo rapidamente contra adversários políticos, conseguiu não poucos inimigos, entre os quais a marquesa de Santos e o padre Diogo Antonio Feijó. Teve excelentes ideias administrativas, mas o clima político e a perda de prestígio ante o imperador impediam, quiçá, o progresso social do Brasil.

Radicado no Rio de Janeiro em 1822, participou das atividades políticas que culminaram com a declaração da Independência do Brasil do Reino de Portugal. Foi ministro do Império do Brasil, mas por pouco tempo; entrando em atrito com o imperador d. Pedro I, tornou-se seu adversário na Assembleia Constituinte, convocada para elaborar a Carta Magna do Brasil. A 15 de julho de 1823 deixou o governo, demitindo-se do cargo que ocupava. Dentro da Assembleia, continuou se opondo ao absolutismo do imperador, que acabou dissolvendo a Assembleia. José Bonifácio foi preso junto com seus irmãos. Desterrados para Europa, chegando à Espanha, de lá foram para Bordéus, na França.

Era poeta desde a adolescência e, com o pseudônimo de América Elísio, publicou sua obra poética quando estava no exílio. Em 1929 retornou ao Brasil, mantendo-se alheio às lutas políticas, em sua residência, na ilha do Paquetá. Sua esposa faleceu nesse ano.

Com a abdicação de d. Pedro I, a 7 de abril de 1831, José Bonifácio foi nomeado tutor dos filhos menores do imperador, inclusive de d. Pedro II, que possuía então cinco anos de idade. Em 1833, pelo decreto de 14 de dezembro, foi-lhe suspensa a tutoria dos príncipes, tendo lutado, tentando fazer valerem seus direitos constitucionais. Foi preso e mantido sob vigilância na Ilha do Paquetá, esperando o pronunciamento da Justiça, que o absolveu. Depois disso, afastou-se da política e mudou-se para Niterói, onde ficou até a sua morte.

Em sua homenagem, a Vila de Santos foi elevada à categoria de cidade, pela lei provincial nº 1 de 26 de janeiro de 1839. A seu pedido, seus restos mortais foram trasladados para Santos, no Convento do Carmo e, posteriormente, para o Panteão dos Andradas.