História: Em alguns mapas, pode englobar a totalidade da Avenida Marginal 2 de Vila São José, começando assim na Praça da Cidadania de Vila São José. Em 3 de setembro de 1987, o prefeito José Osvaldo Passarelli, pelo decreto municipal 5.159, denominou como Rua São Francisco de Assis a via da Vila São José localizada nos fundos e paralela à quadra 56 do loteamento denominado Vila Nova Cubatão, com início na Avenida Marginal 2 e término na Avenida Marginal 1.

Pelo decreto municipal 4.812, assinado em 3 de outubro de 1986 pelo mesmo prefeito, já havia sido atribuída essa denominação à antiga Rua D de Vila Natal.

Giovanni di Pietro di Bernardone, mais conhecido como São Francisco de Assis, nasceu em Assis (Itália) em 5 de julho de 1182 e faleceu em 3 de outubro de 1226. Depois de uma juventude irrequieta e mundana, voltou-se para uma vida religiosa de completa pobreza, fundando a ordem mendicante dos Frades Menores, mais conhecidos como Franciscanos, que renovaram o Catolicismo de seu tempo. Foi canonizado pela Igreja Católica em 1228, dois anos após sua morte, sendo conhecido como o santo patrono dos animais e do meio ambiente. Há uma longa lista de escritos a ele atribuídos, alguns de autenticidade controvertida, sendo um dos mais conhecidos o Cântico das Criaturas ou Cântico do Irmão Sol, que ele teria composto em 1224, quando se recuperava de uma doença em San Damiano, na Itália.