Rios

Os principais rios de Santos são: o Casqueiro, que liga Santos a S. Vicente; o Bertioga, que liga a cidade ao arrabalde do mesmo nome; o Jurubatuba, o Quilombo, o Piassaguéra, o Mogi, o Cubatão, o Perequê, o de Sant'Ana, o São Jorge, o Sandi ou Sandim, o Diana, o Trindade, o Cabussú, o Itapanhaú, o Itaguaré, o Guaratuba e vários outros menores, como: o ribeirão da Anta, o da Pedra Branca, o dos Morrotes, o Rio Vermelho, o do Espigão comprido, o das Fornalhas, o Rio Branco, o do Perequê, o Perequê-Mirim, o dos Monos, o dos Alhos, o ribeiro da Cachoeira Grande, o Vermelho de Cima, o Rio Bananal, o Itatinga onde fica a usina de força e luz da Companhia Docas, o dos Tachinhos, o da Praia, o Guaxinduva, o Carambiú, o das Furnas, o dos Pelais ou da Fazenda, o Jaguareguava, o Acaraú, o dos Barreiros, o de São João, o Caruara, o córrego da Ponta Grossa, o Caiubura, o Caiuara, o Iriri, o Caetê, o Quatinga, o do Cuca, o Boa Vista, o do Manoel Mina, o do Marcolino ou dos Pilões, o Passareúva e o Parateús.

Saltos e Cachoeiras

Os dignos de menção orçam por nove ou dez e são os seguintes: o Salto de Guaratuba, a cachoeira do Itatinga, a do Jaguareguava, a do Cabussú, a de Jurubatuba, a do Quilombo, a do Engenho, a do Perequê, a da Água Fria (ou da Fábrica de Papel) e as do Itutinga ou Tutinga, chamadas dos Pilões, formadas pelas do rio Passareúva e do Marcolino, que fornecem água potável para Santos.

Estas últimas cachoeiras, pertencentes à Cia. City of Santos, embora ocasionalmente se achem em terras do município de Santo André, são consideradas como parte integrante do município de Santos.