Cada vez mais esquentava o panorama político em Santos. A paranóia golpista concretizou-se na forma de uma intervenção generalizada na administração da cidade e nos sindicatos, prefeito deposto e preso inclusive, em abril de 64. A ira dos conspiradores materializou-se na forma de um navio. Chamava-se Raul Soares, um velho cargueiro sem motores que foi encalhado defronte ao Paquetá, para servir de prisão política. Uma sombra sinistra ainda à busca de seu definitivo exorcismo.

     Também no exercício profissional as dificuldades aumentavam quando Gino Sarti chegou à presidência. Era o ano em que se comemorava o Jubileu de Prata da AMS e ele pessoalmente idealizou um movimento para arrecadar fundos para as comemorações, buscando ajuda com laboratórios, empresas, colegas e amigos. A união e a amizade entre os colegas era muito forte. Em sua gestão foi realizado o I Seminário das Classes Liberais, com apoio da AMB, com os temas principais sobre seguro saúde e fluoretação. Em 64 a Santa Casa da Misericórdia foi considerado o hospital mais bem organizado da América do Sul.

     Frederico Menzen Jr, patologista, comandou a entidade em 1965, realizando as atividades com muito critério para acompanhar os dias difíceis. Ele foi o primeiro a promover reuniões musicais com a participação só de colegas na execução, liderados pelo colega J. Carlos Braga de Souza.

     Celso Aguiar foi presidente no ano de 1966, fez várias reformas na sede, aparelhou o salão de conferências com um serviço de auto-falantes, instalou aparelhos de ar condicionado no salão principal. e fez um belíssimo baile de aniversário (de smoking) no Parque Balneário Hotel. A reunião científica mais polêmica em sua gestão foi a mesa-redonda sobre a pílula anticoncepcional. Depois dele foi a vez de Antonio Augusto Arantes, o primeiro a assumir o mesmo cargo exercido por seu pai anteriormente.

     Foi um ano de muitos movimentos reivindicatórios da classe, começaram as lutas para a livre escolha, ocorreu a unificação dos institutos, foram realizadas várias assembléias na AMS. Foi o ano da criação da Faculdade de Ciências Médicas de Santos, com solenidade realizada na AMS, com a presença do prefeito Sílvio Fernandes Lopes. Outro fato que deve ser lembrado foi a criação da Unimed, para acabar com a invasão da medicina de grupo.

     Depois dele assumiu Antonio Thomaz Pacheco Lessa Júnior, que também presidiu assembléias e reuniões da classe na luta pela dignidade profissional. Em sua gestão foi realizado o Congresso Pan Americano de Medicina do Trabalho, organizado por Oswaldo Paulino. Em setembro desse ano uma vitória da Medicina: a realização de um transplante quádruplo de coração, rins e pâncreas.