Até a segunda metade do século XIX, a subsistência de Cubatão estava centrada na sua função portuária, sendo a ligação entre a Baixada e o Planalto Paulista.

Com a construção da Estrada de Ferro Santos-Jundiaí, em 1867, a região entra em franco declínio, uma vez que a ferrovia passa a absorver grande parte do transporte de produtos.

A agricultura passou a ser a alternativa viável para a sobrevivência da região. No entanto, basicamente, o cultivo da banana, introduzido por Henrique Muniz de Gusmão Brunken, avô de Afonso Schmidt, foi o produto de grande expressão econômica, tornando-se monocultura básica para a cidade.

Segundo censo realizado em 1953, dos 15.400 habitantes do município, apenas 6.800 residiam na cidade, possuindo o município, ainda nessa época, 267 propriedades agrícolas. Preterida pela industrialização, a partir dos anos 1950, hoje é cultivada de forma inexpressiva.

Ao lado da atividade agrícola, a extração de areia e pedras compunha outra fonte de renda para a cidade.

O crescimento industrial - 1ª fase - O desenvolvimento industrial, verificado em Cubatão a partir dos anos 50, possui antecedentes. Os primitivos engenhos de açúcar, característicos da economia colonial, registram a primeira atividade industrial do município. Muito depois, os curtumes ganhariam importância, representando a fase primária da industrialização na região, utilizando o tanino, extraído das filhas dos mangues e, mesmo, vendendo a lenha.

Um curtume expressivo para a cidade foi a Cia. Curtidora Marx, instalada em 1895 (N.E.: o ano correto é 1912) no bairro Olaria. Foi a primeira indústria a se instalar em Cubatão e uma das primeiras da Baixada Santista. Era o maior curtume do Brasil na época, preparando couros e peles para as mais diversas aplicações. Por ter dirigentes alemães, sofreu com a Primeira Guerra Mundial - embora estivesse bem distante do cenário da conflagração de 1914/18 -, tendo paralisadas as suas atividades.

Em 1918, foi adquirida pela Costa Moniz Indústria e Comércio S/A, que abandonou, posteriormente, sua característica de curtume de peles, variando (a partir de 1929) seu ramo de produção para a confecção de cintos de couro, fiação e tecelagem de correias de lona e borracharia, fios para tecido, correias e corda de couro curtido para exportação.

Em 1942, a maquinaria foi modificada e modernizada, nascendo daí a produção de mangueiras de combate ao fogo, que se tornaram o principal produto da empresa, junto com as correias transportadoras, cordas de algodão e mangotes de borracha para sucção (que tinham como maiores compradores a Marinha do Brasil e a armadora Lloyd Brasileiro).

O algodão e o rami (fibra inicialmente importada do Japão, depois procedente de Iraí, no estado do Paraná) eram então algumas das principais matérias-primas usadas por essa indústria. A pequena produção de peles e pelúcias, usadas como forros de calçados, usava peles de origem caprina procedentes do Norte do Brasil e peles e carneiro compradas no Rio Grande do Sul, que sofriam um tratamento químico de preparação, sendo depois esmaltadas e - por meio de prensagem a vapor - polidas.

Do mesmo porte, em 1916, instalou-se a Cia. Anilinas de Productos Chímicos do Brasil, localizada no centro da cidade (no depois denominado Parque Anilinas e mais recentemente Cidade da Criança). Essa companhia produziu, por quase 50 anos, tintas e vernizes, entre outros produtos químicos, até a falência em 1964.

Dessa primeira fase industrial, a de maior expressão econômica foi a Cia. Santista de Papel S.A., construída ao pé da Serra, em 1918 (mas só começou a funcionar em 1932, produzindo papéis para impressão, embalagem e cartões). Sua localização (no atual bairro Água Fria) foi devida à proximidade com o porto de onde receberia matéria-prima e aproveitamento das cachoeiras para obtenção de energia. Essa companhia trouxe certo dinamismo para a região devido à atração de forasteiros, o que resultou no incremento comercial e, durante 30 anos, foi a grande fábrica de Cubatão, sendo conhecida como Companhia Fabril de Cubatão.

A denominação "Fabril" passou a ser atribuída devido a ser o único bairro onde existia fábrica, e permaneceu até os dias atuais. Foi cognominada "Santista" porque em 1932 Cubatão era um pequeno distrito do Município de Santos. Possuía uma usina hidrelétrica própria que fornecia 40% da energia necessária à sua operação (complementada por energia da Light). Tendo como matéria-prima básica a celulose - que exige elevada quantidade de água na manipulação), a indústria contava com fontes de captação e tratamento próprio no Rio Cubatão. Em iniciativa arrojada para a época, a indústria construiu em terreno próprio uma vila operária com mais de uma centena de casas.

O papel produzido em Cubatão era composto predominantemente de fibras de origem vegetal. Para sua fabricação, a madeira tinha de ser desfibrada, usando-se vários processos, dos quais o mais simples era o preparo da pasta mecânica, no qual a madeira era triturada e moída, e em seguida misturada com celulose através de processos químicos. Além da pasta mecânica, o papel podia ser fabricado também com celulose não branqueada e celulose branqueada, processos esses utilizados conforme a finalidade do papel, que era entregue em folhas ou em bobinas aos consumidores.

Um marco significativo para o município foi a construção da Usina Henry Borden pela São Paulo Light S.A. Serviços de Eletricidade, hoje Empresa Metropolitana de Água e Energia (Emae). Longe de ser ocasional, a instalação da usina foi ditada por fatores físicos para aproveitamento das escarpas da serra na produção de energia para o planalto paulista, em franco desenvolvimento.